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迪飛學(xué)術(shù) | mNGS揭示兒童難治性肺炎支原體肺炎呼吸道菌群特征

瀏覽數(shù)量: 0     作者: 迪飛醫(yī)學(xué)     發(fā)布時(shí)間: 2023-10-18      來(lái)源: 迪飛醫(yī)學(xué)

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標(biāo)題

導(dǎo)  讀

肺炎支原體Mycoplasma pneumoniae, MP)是兒童肺部感染的常見(jiàn)病原體之一,人是唯一的宿主。肺炎支原體肺炎Mycoplasma pneumoniae pneumonia,MPP)為學(xué)齡期兒童常見(jiàn)的社區(qū)獲得性肺炎(community acquried pneumonia, CAP),占住院兒童CAP的10%-40%。前期由于大環(huán)內(nèi)酯類耐藥以及一系列復(fù)雜的機(jī)制,難治性肺炎支原體肺炎(refractory mycoplasma pneumoniae pneumonia, RMPP)的發(fā)病率不斷增加,往往導(dǎo)致預(yù)后不良和肺不張、肺壞死、支氣管擴(kuò)張、閉塞性細(xì)支氣管炎等后遺癥。有研究發(fā)現(xiàn)下呼吸道(lower respiratory tract,LRT)感染期間微生物群發(fā)生了顯著變化,與肺炎的預(yù)后或病程密切相關(guān)。

本研究對(duì)診斷為RMPP或非難治性肺炎支原體肺炎(NRMPP)的兒童支氣管肺泡灌洗液進(jìn)行了mNGS病原學(xué)檢查,并分析了下呼吸道微生物群與RMPP之間的關(guān)系,相關(guān)研究成果發(fā)表于Translational Pediatrics。


研究結(jié)果 


該研究納入52例兒童,NRMPP組包括9例男性和18例女性, RMPP組包括11例男性和14例女性。對(duì)入組的患者迪飛醫(yī)學(xué)同時(shí)提供了比較宏基因組分析,通過(guò)分析發(fā)現(xiàn):

α多樣性

RMPP組的Shannon指數(shù)(豐富度)遠(yuǎn)低于NRMPP組,而Simpson指數(shù)(均勻度)則較高, RMPP組多樣性明顯低于NRMPP組。

β多樣性

基于Bray-Curtis距離的組間多樣性存在顯著差異(P<0.001)。

圖片

圖1 從左至右分別是α多樣性-Shannon指數(shù),α多樣性-Simpson指數(shù),β多樣性-組間Bray-Curtis距離

組間高豐度差異物種

NRMPP組中支原體屬的相對(duì)豐度顯著低于RMPP組,共生微生物鏈球菌屬、奈瑟氏菌屬、韋榮菌屬、羅氏菌屬和普氏菌屬以及條件致病微生物不動(dòng)桿菌屬、假單胞菌屬和羅爾斯頓菌屬則在NRMPP組中的豐度顯著升高。幾乎所有RMPP組的肺炎支原體負(fù)荷均顯著高于NRMPP組,表明MP占據(jù)了LRT的所有生態(tài)位。發(fā)現(xiàn)4例MP豐度明顯降低的RMPP組兒童樣本中檢測(cè)到了高豐度的人腺病毒7型或人博卡病毒I型。


圖片

圖2 組間高豐度差異物種(屬水平)

RMPP和NRMPP組的生物標(biāo)志物

利用LEfSe探索對(duì)組間不同微生物條件影響最大的類群,發(fā)現(xiàn)支原體屬和奈瑟菌屬對(duì)RMPP組的影響最大,其中肺炎支原體和淺黃奈瑟菌最為豐富。


RMPP和NRMPP組的基因功能分布差異

在14/25 例RMPP組和18/27例NRMPP組的肺炎支原體基因組中成功注釋抗性基因(ARGs),NRMPP組擁有更多ARGs注釋。與NRMPP組相比,RMPP組毒力因子基因(VFGs)的注釋較少,但其中黏附相關(guān)毒力基因的相對(duì)豐度較高。代謝通路LEfSe分析發(fā)現(xiàn)萜類和聚酮類代謝、脂類代謝、DNA復(fù)制或修復(fù)和碳水化合物代謝相關(guān)功能富集于RMPP組。

圖3 組間MP基因組上的ARGs和VFGs相對(duì)豐度熱圖


/ 結(jié)論 /


RMPP組兒童的LRT微生物群比NRMPP組要簡(jiǎn)單得多,并且大多數(shù)以MP為主。一旦MP占據(jù)所有生態(tài)位,大量粘附的氣道上皮細(xì)胞壞死脫落,炎癥細(xì)胞浸潤(rùn),分泌促炎細(xì)胞因子,CARDS毒素的釋放會(huì)對(duì)患者造成嚴(yán)重的組織損傷, 這種過(guò)度激活的免疫系統(tǒng)可能是造成RMPP的主要原因。 迪飛mNGS以其快速、敏感和準(zhǔn)確的病原體鑒定能力,為精準(zhǔn)的治療方案提供了強(qiáng)有力的支持。


參考文獻(xiàn):

Chen J, Xi Z, Shi Y, Liu L, Wang L, Qian L, Lu A. Highly homogeneous microbial communities dominated by Mycoplasma pneumoniae instead of increased resistance to macrolide antibiotics is the characteristic of lower respiratory tract microbiome of children with refractory Mycoplasma pneumoniae pneumonia. Transl Pediatr 2021;10(3):604-615. doi: 10.21037/tp-20-404


作者:山奈  審核:朝花夕拾 排版:阿心

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