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迪飛學(xué)術(shù) | 高通量測序揭示中國西南地區(qū)肺腺癌患者組織中微生物群落特征

瀏覽數(shù)量: 0     作者: 本站編輯     發(fā)布時間: 2023-08-21      來源: 本站

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中國西南地區(qū)昆明市肺腺癌患者組織中的微生物組成特征


2023年2月,昆明醫(yī)科大學(xué)附屬第一醫(yī)院胸外科陳小波團隊與迪飛醫(yī)學(xué)合作,在Environmental science and pollution research international(IF=5.19)雜志發(fā)表了一篇研究型文章。研究使用16S rRNA技術(shù)檢測40例昆明地區(qū)肺腺癌患者肺部菌群,發(fā)現(xiàn)雙歧桿菌屬可能在淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移和腫瘤進展中發(fā)揮重要作用,為肺腺癌診斷提供潛在的生物標志物。


導(dǎo)讀


人們通常認為肺部為無菌狀態(tài),但最新證據(jù)表明,肺部存在一種獨特的微生物群,并與肺部腫瘤惡性轉(zhuǎn)化有關(guān)。肺部微生物群落與肺癌之間的相互作用尚不明確。目前,肺部微生物研究多集中于痰液或肺泡灌洗液,少有研究集中于肺組織,本研究將肺癌組織作為檢測樣本,以探究微生物組成與肺癌臨床特征之間的相關(guān)性。


/ 研究亮點 /

1、檢測樣本為肺癌組織,較唾液、深痰和肺泡灌洗液樣本更能反映肺部微生物的真實情況;

2、分析腫瘤分期、淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移情況、吸煙狀況與肺腺癌患者肺部菌群相關(guān)性,發(fā)現(xiàn)了特征差異微生物雙歧桿菌;

3、首次報道了關(guān)于中國西南城市——昆明肺腺癌患者的肺部微生物特征。


/ 研究結(jié)果 /


1、肺癌組織樣本中鑒定出951個OTUs


在門水平,厚壁菌門(32.4%±12.1%)、變形菌門(24.5%±25.1%)、放線菌門(17.3%±11.3%)、擬桿菌門(16.7%±14.0%)和疣微菌門(3.3%±4.2%)檢出占主要優(yōu)勢(平均相對豐度>1%)。在屬水平,共鑒定出21個屬(平均相對豐度>1%),其中雙歧桿菌屬、莫拉氏菌屬的相對豐度最高(圖 1)。


圖1

圖1 所有樣品中優(yōu)勢菌屬的相對豐度分布


2、肺腺癌各分組微生物多樣性相似


香農(nóng)指數(shù)是一種衡量群落中物種多樣性的參數(shù),結(jié)果顯示各分組物種多樣性沒有顯著性差異(圖 2)。(分組:N0期與N+期、T1期與T2期、臨床分期(I、II、III期)、吸煙與不吸煙)

圖2

圖2 肺腺癌各分組間的香農(nóng)指數(shù)分析


3、不同分組的微生物群落組成顯著性差異


N0組和N+組之間菌群分析明顯分離(p<0.001)(圖 3A),且差異顯著(圖 3B);T1組中的大多數(shù)樣本相對于T2組更加均勻和聚集(圖 3C),且差異顯著p<0.001)圖 3D);同樣地,在臨床I、II和III期分組中,各分期菌群明顯分離(圖 3E),且任意兩組分期中菌群分布存在顯著性差異(圖 3F)。吸煙者和非吸煙者菌群分布沒有顯著性差異。

圖3

圖3 肺腺癌各分組群組成比較


4、肺腺癌各分組差異物種分析


通過LEFSe分析,在N0和N+組中發(fā)現(xiàn)8個差異類群,包括2個綱、2個目、3個科、1個屬,這些類群均在N+組中有更高的豐度(圖 4A)。差異屬為雙歧桿菌屬,其相對豐度水平在兩組間差異顯著p<0.05)(圖 4B)。

圖4

圖4 N0 和 N+組的差異物種分析


在T1組和T2組中共發(fā)現(xiàn)15個差異類群,包括5個門和10個屬。門水平包括擬桿菌門、放線菌門、疣微菌門、變形菌門和梭桿菌門(圖 5A);屬水平上,T2組中差異屬為莫拉菌屬、狡詐球菌屬等,T1組差異屬為雙歧桿菌屬、乳酸桿菌屬等(圖 5B)。

圖5

圖5 T1與T2分組物種差異分析


/ 總結(jié) /

本研究通過16s rRNA測序,鑒定了肺腺癌患者不同分組(N0期與N+期、T1期與T2期、臨床分期(I、II、III期)、吸煙與不吸煙中肺癌組織的特征微生物,并發(fā)現(xiàn)雙歧桿菌屬的豐度與淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移和腫瘤進展相關(guān)。本研究提示特征微生物可成為一種潛在的肺腺癌診斷標志物。

編譯:吃吃個梨  審核:藝希  排版:阿心

參考文獻:Chen M, Cui Y, Liu C, Tong X, Wang M, Wu C, Liu Y, Zhao Y, Chen X. Characteristics of the microbiome in lung adenocarcinoma tissue from patients in Kunming city of southwestern China. Environ Sci Pollut Res Int. 2023 Feb 14. doi: 10.1007/s11356-023-25528-1. Epub ahead of print. PMID: 36787077.



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