迪飛學(xué)術(shù) | 迪感康mNGS在真實世界研究中的臨床應(yīng)用價值 瀏覽數(shù)量： 0 作者： 迪飛醫(yī)學(xué) 發(fā)布時間： 2023-08-21 來源： 迪飛醫(yī)學(xué)
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導(dǎo)讀
近期，蘇州大學(xué)附屬第一醫(yī)院檢驗科與迪飛醫(yī)學(xué)合作，在 Infectious Diseases and Therapy （IF=6.119 ） 雜志發(fā)表了一篇前瞻性研究型文章。通過對201例疑似患有急性或慢性感染患者同時進行mNGS技術(shù)檢測和常規(guī)傳統(tǒng)方法檢測（Conventional tests，CTs ），收集患者的臨床治療方案，以 探究mNGS技術(shù)在病原診斷和治療決策方面的臨床應(yīng)用價值 。迪飛醫(yī)學(xué)作為共同作者參與了該研究的數(shù)據(jù)分析與文章撰寫。
/ 研究背景 /
快速、廣泛地檢測感染性疾病病原體對于臨床診斷和及時治療至關(guān)重要，尤其是在病情嚴重的患者中尤為重要。在一個具有病原體多樣性和樣本類型多樣性的大型隊列中，我們對宏基因組下一代測序（mNGS）在實際臨床中的應(yīng)用價值進行了研究。
/ 研究亮點 /
與CTs檢測結(jié)果相比較，mNGS技術(shù)檢測敏感性為98.8%，特異性為38.5%，準確度為87.1%；
在具有隨訪信息的41例患者中，24例患者根據(jù)mNGS結(jié)果調(diào)整臨床治療方案，其中70% （17/24）以上患者的臨床癥狀得到顯著改善
/ 研究結(jié)果 /
前瞻性收集215位患者的228例樣本，包括34例外周血、147例痰液和47例肺泡灌洗液。其中，27位患者具有兩個及以上樣本。最終，來自188位患者的201例樣本通過了mNGS檢測的QC流程，并被納入后續(xù)分析。所有樣本中，42.6%樣本具有下呼吸道感染，7例樣本具有血流感染，其它樣本都是不明原因感染。
圖1 臨床樣本和質(zhì)量控制數(shù)據(jù)的宏基因組分析
2. mNGS性能分析
與CTs結(jié)果相比，mNGS在所有樣本整體敏感性為98.8%，其中血液樣本的敏感性為100%，BALF樣本的敏感性為96.6%，痰液樣本的敏感性為99.2%。整體特異性為38.5%，準確度為87.1%。在檢測結(jié)果方面，79.6%（160/201）的樣本mNGS和CTs結(jié)果均為陽性，7.5%（15/201）的樣本為雙陰性結(jié)果。而雙陽性樣本中，有109例mNGS和CTs結(jié)果一致，其中77例在種水平具有一致性，32例在屬水平具有一致性。另外，25例樣本兩者結(jié)果部分一致，剩余的26例樣本則兩者檢測結(jié)果不一致。
相比傳統(tǒng)微生物檢測技術(shù)，mNGS在病原體檢出率方面具有顯著優(yōu)勢，尤其在傳染病病因確定方面發(fā)揮了重要作用，可為臨床醫(yī)生提供輔助的抗生素治療決策，從而改善治療效果。因此，在臨床實踐中，mNGS技術(shù)可作為病原體檢測和治療決策的有力補充手段。 在對109個mNGS和CTs結(jié)果一致的樣本進行病原微生物組成分析時，發(fā)現(xiàn)其中大部分為單一病原體感染，其中38.5%為革蘭氏陰性菌，20.2%為革蘭氏陽性菌，10.1%為結(jié)核分枝桿菌。而24.8%的樣本存在多個病原體感染，其中20.2%為多種細菌感染，3.7%為細菌和真菌共同感染，0.9%為真菌和病毒共同感染。僅有1.8%的樣本存在病毒感染，4.6%的樣本存在真菌感染。
圖2 mNGS檢測和性能分析的驗證
3. 物種組成分析
對于陽性樣本的病原微生物進行分析后，發(fā)現(xiàn)與CTS相比，mNGS結(jié)果中的細菌與病毒在統(tǒng)計學(xué)上具有顯著性差異。同時，CTS能夠鑒定到更多的真菌。對于某些病原體，mNGS能識別到物種水平，而CTs僅可識別屬水平的病原體，例如奈瑟菌和假絲酵母菌。此外，14種細菌、2種真菌和4種病毒僅通過mNGS被檢測到。
圖3 比較mNGS與CTs檢測到的病原微生物
4. mNGS結(jié)果在臨床診斷和治療決策中的應(yīng)用
對于mNGS與CTs結(jié)果不一致的樣本，共收集了41例患者的隨訪用藥信息。根據(jù)mNGS檢測結(jié)果，58.5%（24/41）的患者進行了臨床治療方案的調(diào)整，其中10例患者僅有mNGS結(jié)果。具體而言，16例患者依據(jù)mNGS檢測到的肺炎克雷伯菌、銅綠假單胞菌或嗜肺軍團菌接受了相應(yīng)的抗生素治療，3例患者接受了奧司他韋和更昔洛韋的抗病毒治療。此外，5例患者依據(jù)mNGS檢測到的新型隱球菌、耶氏肺孢子菌或光滑念珠菌進行了抗真菌治療。最終，超過70%（17/24）的患者在接受mNGS結(jié)果指導(dǎo)下，癥狀明顯改善。
圖4 mNGS結(jié)果在臨床診斷和治療決策中的應(yīng)用
/ 總結(jié) /
相比傳統(tǒng)微生物檢測技術(shù)，mNGS在病原體檢出率方面具有顯著優(yōu)勢，尤其在傳染病病因確定方面發(fā)揮了重要作用，可為臨床醫(yī)生提供輔助的抗生素治療決策，從而改善治療效果。因此，在臨床實踐中，mNGS技術(shù)可作為病原體檢測和治療決策的有力補充手段。
參考文獻：
Xu J, Zhou P, Liu J, et al. Utilizing Metagenomic Next-Generation Sequencing (mNGS) for Rapid Pathogen Identification and to Inform Clinical Decision-Making: Results from a Large Real-World Cohort. Infect Dis Ther. 2023;10.1007/s40121-023-00790-5.
